Существует несколько историй о происхождении названия маффин. В одной из них слово маффин пришло в Великобританию в XI веке от французского слова moufflet, что означает мягкий хлеб. Другая история связывает это слово с немецким muffe — один из видов хлеба.
В США маффины были завезены из Великобритании иммигрантами. Известно имя Самюэля Томаса , который в 1880 году открыл пекарню «Маффин Хаус» в Нью-Йорке. Популярность в США маффины приобрели после их продаж на Всемирной выставке в Чикаго в 1893 году.